人吉二中の校区は，人吉市の北西部と，南部の宮崎県境に接する矢岳地区です。地図で黄色に塗られた範囲です。
矢岳小が二中校区なのは，肥薩線をつかった通学に人吉駅に近い二中がもっとも都合がいいためです。しかし昭和４３年３月までは二中矢岳分校がありました。